New England Biolabs: Reagents for the Life Sciences Industry

Cross Index of Recognition Sequences

Sequences at the top of each column are written 5´ to 3´ according to convention. Open squares at the left of each row are place holders for nucleotides within a restriction endonuclease recognition sequence; arrowheads indicate the point of cleavage. Sequences of complementary strands and their cleavage sites are implied.

blue type = enzymes that recognize only one sequence
black type = enzymes that recognize multiple sequences (degenerate)

Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences | Penta-Nucleotide Recognition Sequences

Palindromic Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences

  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
  MluCI       FatI         BfuCI
DpnII
MboI
Sau3AI

             
        AluI
 CviKI-1
      BstUI   DpnI   HaeIII
PhoI

 CviKI-1
RsaI     HpyCH4V  
 

              BstKTI HhaI            
      

TaiI     NlaIII                      
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A  T  ApoI   HindIII*   PciI
 AflIII
AgeI*+
 BsrFI
BsaWI
MluI
 AflIII
SpeI*+ BglII
 BstYI
    TatI        
A   AclI                       ClaI
BspDI
  AseI
A

    SspI*           AfeI StuI ScaI*+        
A  T 

                             
A

      NspI         HaeII         NsiI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
C MfeI*+       NcoI*+
 StyI*
BtgI
BsaJI
TspMI
XmaI

AcoI
 AvaI
BsaJI
BsoBI
BsaJI
BtgI
AvrII
BsaJI
 StyI*
    EagI*
 EaeI
BsiWI SfcI PaeR7I
TliI
XhoI+

 AvaI
BsoBI
SmlI
SfcI AflII
 SmlI
C G 

    NdeI   BmeT110I               BmeT110I     
C G    PmlI
 BsaAI
PvuII*
 MspA1I
    SmaI MspA1I                  
C G              SacII   PvuI*
 BsiEI
  BsiEI          
C

                          PstI*  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
G EcoRI*+
 ApoI
        NgoMIV
 BsrFI
BssHII NheI*+ BamHI*
 BstYI
KasI
 BanI
PspOMI Acc65I
 BanI
  SalI*+ ApaLI  
G C    BsaHI               NarI
 BsaHI
    AccI AccI    
G C    ZraI   Ecl136II
Eco53KI
EcoRV*+ Cac8I NaeI
Cac8I
Cac8I Cac8I NlaIV SfoI
NlaIV
NlaIV NlaIV BstZ17I
Hpy8I
Hpy166II
HincII
Hpy8I
Hpy166II
Hpy8I
Hpy166II
HpaI
HincII

Hpy8I
Hpy166II
G C 

                             
G   AatII SacI*
BanII
BsiHKAI
Bsp1286I
  SphI*
 NspI
    BmtI*   BbeI
 HaeII
ApaI
 BanII
BaeGI
Bsp1286I
KpnI*+     BaeGI
Bsp1286I
BsiHKAI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
T A          BspHI BspEI
 BsaWI
AcoI
  XbaI+ BclI *
  EaeI BsrGI
TatI
       
T A 

      Hpy188III Hpy188III Hpy188III Hpy188III           BstBI    
T A    SnaBI
 BsaAI
        NruI     FspI MscI   PsiI     DraI
T A 

                             
T

                             

* HF (high fidelity) versions of these enzymes are available for simplified reactions and reduced star activity, at no additional cost.

+ A RE-Mix version of this, or the HF version of this enzyme is available.

Palindromic Penta-Nucleotide Recognition Sequences

  top
   AATT   ACGT   AGCT   ATAT   CATG   CCGG   CGCG   CTAG   GATC   GCGC   GGCC   GTAC   TATA   TCGA   TGCA   TTAA 
 N           BssKI
StyD4I
          MaeIII        
 N

            DdeI HinfI   Sau96I          
 N

        ScrFI       Fnu4HI BmgT120I          
 N

HpyCH4II                       Hpy188I    
 N

                  FmuI          
  N

                             
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A
T


        PspGI                    
 A
 T


              TfiI ApeKI
TseI
AvaII          
A
T


        BstNI                    
 A
 T


                             
 A
 T


                             
 A
 T


          Hpy99I                  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA

 G
 C


                    Tsp45I        
 G
 C


                             
G
C


        NciI                    
 G
 C


                             
 G
 C


                TauI
BspUI
           
 G
 C