New England Biolabs: Reagents for the Life Sciences Industry

Cross Index of Recognition Sequences

Sequences at the top of each column are written 5´ to 3´ according to convention. Open squares at the left of each row are place holders for nucleotides within a restriction endonuclease recognition sequence; arrowheads indicate the point of cleavage. Sequences of complementary strands and their cleavage sites are implied.

blue type = enzymes that recognize only one sequence
black type = enzymes that recognize multiple sequences (degenerate)

Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences | Penta-Nucleotide Recognition Sequences

Palindromic Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences

  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
  MluCI       FatI         BfuCI
DpnII
MboI
Sau3AI

             
    HpyCH2IV     CviAII MspI
HpaII
  BfaI   HinP1I   Csp6I
CviQI
  TaqαI   MseI
      AluI
 CviKI-1
      BstUI   DpnI   HaeIII
PhoI

 CviKI-1
RsaI     HpyCH4V  
 

              BstKTI HhaI            
      

TaiI     NlaIII                      
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A  T  ApoI   HindIII*   PciI
 AflIII
AgeI*+
 BsrFI
BsaWI
MluI
 AflIII
SpeI*+ BglII
 BstYI
    TatI        
A   AclI                       ClaI
BspDI
  AseI
A

    SspI*           AfeI StuI ScaI*+        
A  T 

                             
A

      NspI         HaeII         NsiI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
C MfeI*+       NcoI*+
 StyI*
BtgI
BsaJI
TspMI
XmaI

AcoI
 AvaI
BsaJI
BsoBI
BsaJI
BtgI
AvrII
BsaJI
 StyI*
    EagI*
 EaeI
BsiWI SfcI PaeR7I
TliI
XhoI+

 AvaI
BsoBI
SmlI
SfcI AflII
 SmlI
C G 

    NdeI   BmeT110I               BmeT110I     
C G    PmlI
 BsaAI
PvuII*
 MspA1I
    SmaI MspA1I                  
C G              SacII   PvuI*
 BsiEI
  BsiEI          
C

                          PstI*  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
G EcoRI*+
 ApoI
        NgoMIV
 BsrFI
BssHII NheI*+ BamHI*
 BstYI
KasI
 BanI
PspOMI Acc65I
 BanI
  SalI*+ ApaLI  
G C    BsaHI               NarI
 BsaHI
    AccI AccI    
G C    ZraI   Ecl136II
Eco53KI
EcoRV*+ Cac8I NaeI
Cac8I
Cac8I Cac8I NlaIV SfoI
NlaIV
NlaIV NlaIV BstZ17I
Hpy8I
Hpy166II
HincII
Hpy8I
Hpy166II
Hpy8I
Hpy166II
HpaI
HincII

Hpy8I
Hpy166II
G C 

                             
G   AatII SacI*
BanII
BsiHKAI
Bsp1286I
  SphI*
 NspI
    BmtI*   BbeI
 HaeII
ApaI
 BanII
BaeGI
Bsp1286I
KpnI*+     BaeGI
Bsp1286I
BsiHKAI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
T A          BspHI BspEI
 BsaWI
AcoI
  XbaI+ BclI *
  EaeI BsrGI
TatI
       
T A 

      Hpy188III Hpy188III Hpy188III Hpy188III           BstBI    
T A    SnaBI
 BsaAI
        NruI     FspI MscI   PsiI     DraI
T A 

                             
T

                             

* HF (high fidelity) versions of these enzymes are available for simplified reactions and reduced star activity, at no additional cost.

+ A RE-Mix version of this, or the HF version of this enzyme is available.

Palindromic Penta-Nucleotide Recognition Sequences

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   AATT   ACGT   AGCT   ATAT   CATG   CCGG   CGCG   CTAG   GATC   GCGC   GGCC   GTAC   TATA   TCGA   TGCA   TTAA 
 N           BssKI
StyD4I
          MaeIII        
 N

            DdeI HinfI   Sau96I          
 N

        ScrFI       Fnu4HI BmgT120I          
 N

HpyCH4II                       Hpy188I    
 N

                  FmuI          
  N

                             
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A
T


        PspGI                    
 A
 T


              TfiI ApeKI
TseI
AvaII          
A
T


        BstNI                    
 A
 T


                             
 A
 T


                             
 A
 T


          Hpy99I                  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA

 G
 C


                    Tsp45I        
 G
 C


                             
G
C


        NciI                    
 G
 C


                             
 G
 C


                TauI
BspUI
           
 G
 C