Cross Index of Recognition Sequences

Sequences at the top of each column are written 5´ to 3´ according to convention. Open squares at the left of each row are place holders for nucleotides within a restriction endonuclease recognition sequence; arrowheads indicate the point of cleavage. Sequences of complementary strands and their cleavage sites are implied.

blue type = enzymes that recognize only one sequence
black type = enzymes that recognize multiple sequences (degenerate)

Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences | Penta-Nucleotide Recognition Sequences

Palindromic Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences

  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
 214-1 MluCI       FatI         BfuCI
DpnII
MboI
Sau3AI

             
 214-2   HpyCH2IV     CviAII MspI
HpaII
  BfaI   HinP1I   Csp6I
CviQI
  TaqαI   MseI
 214-3     AluI
 CviKI-1
      BstUI   DpnI   HaeIII
PhoI

 CviKI-1
RsaI     HpyCH4V  
 214-4

              BstKTI HhaI            
  214-5    

TaiI     NlaIII                      
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A 214-1 T  ApoI   HindIII*   PciI
 AflIII
AgeI*+
 BsrFI
BsaWI
MluI
 AflIII
SpeI*+ BglII
 BstYI
    TatI        
A214-2   AclI                       ClaI
BspDI
  AseI
A214-3

    SspI*           AfeI StuI ScaI*+        
A 214-4 T 

                             
A214-5

      NspI         HaeII         NsiI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
C214-1 MfeI*+       NcoI*+
 StyI*
BtgI
BsaJI
TspMI
XmaI

AcoI
 AvaI
BsaJI
BsoBI
BsaJI
BtgI
AvrII
BsaJI
 StyI*
    EagI*
 EaeI
BsiWI SfcI PaeR7I
TliI
XhoI+

 AvaI
BsoBI
SmlI
SfcI AflII
 SmlI
C214-2 G 

    NdeI   BmeT110I               BmeT110I     
C214-3 G    PmlI
 BsaAI
PvuII*
 MspA1I
    SmaI MspA1I                  
C214-4 G              SacII   PvuI*
 BsiEI
  BsiEI          
C214-5

                          PstI*  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
G214-1 EcoRI*+
 ApoI
        NgoMIV
 BsrFI
BssHII NheI*+ BamHI*
 BstYI
KasI
 BanI
PspOMI Acc65I
 BanI
  SalI*+ ApaLI  
G214-2 C    BsaHI               NarI
 BsaHI
    AccI AccI    
G214-3 C    ZraI   Ecl136II
Eco53KI
EcoRV*+ Cac8I NaeI
Cac8I
Cac8I Cac8I NlaIV SfoI
NlaIV
NlaIV NlaIV BstZ17I
Hpy8I
Hpy166II
HincII
Hpy8I
Hpy166II
Hpy8I
Hpy166II
HpaI
HincII

Hpy8I
Hpy166II
G214-4 C 

                             
G214-5   AatII SacI*
BanII
BsiHKAI
Bsp1286I
  SphI*
 NspI
    BmtI*   BbeI
 HaeII
ApaI
 BanII
BaeGI
Bsp1286I
KpnI*+     BaeGI
Bsp1286I
BsiHKAI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
T214-1 A          BspHI BspEI
 BsaWI
AcoI
  XbaI+ BclI *
  EaeI BsrGI
TatI
       
T214-2 A 

      Hpy188III Hpy188III Hpy188III Hpy188III           BstBI    
T214-3 A    SnaBI
 BsaAI
        NruI     FspI MscI   PsiI     DraI
T214-4 A 

                             
T214-5

                             

* HF (high fidelity) versions of these enzymes are available for simplified reactions and reduced star activity, at no additional cost.

+ A RE-Mix version of this, or the HF version of this enzyme is available.

Palindromic Penta-Nucleotide Recognition Sequences

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   AA215-4TT   AC215-4GT   AG215-4CT   AT215-4AT   CA215-4TG   CC215-4GG   CG215-4CG   CT215-4AG   GA215-4TC   GC215-4GC   GG215-4CC   GT215-4AC   TA215-4TA   TC215-4GA   TG215-4CA   TT215-4AA 
215-1 N215-0           BssKI
StyD4I
          MaeIII        
215-2 N215-0

            DdeI HinfI   Sau96I          
215-3 N215-0

        ScrFI       Fnu4HI BmgT120I          
215-0 N215-1

HpyCH4II                       Hpy188I    
215-0 N215-2

                  FmuI          
 215-0 N215-3

                             
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
215-1 A 215-0
T


        PspGI                    
215-2  A 215-0
 T


              TfiI ApeKI
TseI
AvaII          
215-3 A 215-0
T


        BstNI                    
215-0  A 215-1
 T


                             
215-0  A 215-2
 T


                             
215-0  A 215-3
 T


          Hpy99I                  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA

215-1  G 215-0
 C


                    Tsp45I        
215-2  G 215-0
 C


                             
215-3 G 215-0
C


        NciI                    
215-0  G 215-1
 C


                             
215-0  G 215-2
 C


                TauI
BspUI
           
215-0  G 215-3
 C


                             
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