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  • Cross Index of Recognition Sequences

    Sequences at the top of each column are written 5´ to 3´ according to convention. Open squares at the left of each row are place holders for nucleotides within a restriction endonuclease recognition sequence; arrowheads indicate the point of cleavage. Sequences of complementary strands and their cleavage sites are implied.

    orange type = enzymes that recognize only one sequence
    black type = enzymes that recognize multiple sequences (degenerate)

    Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences | Penta-Nucleotide Recognition Sequences

    Palindromic Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences

      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
      MluCI       FatI         BfuCI
    DpnII
    MboI
    Sau3AI

                 
        HpyCH2IV     CviAII MspI
    HpaII
      BfaI   HinP1I   Csp6I
    CviQI
      TaqαI   MseI
          AluI
     CviKI-1
          BstUI   DpnI   HaeIII
    PhoI

     CviKI-1
    RsaI     HpyCH4V  
     

                  BstKTI HhaI            
          

    TaiI     NlaIII                      
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
    A  T  ApoI   HindIII*   PciI
     AflIII
    AgeI*
     BsrFI
    BsaWI
    MluI
     AflIII
    SpeI BglII
     BstYII
        TatI        
    A   AclI                       ClaI
    BspDI
      AseI
    A

        SspI*           AfeI StuI ScaI*        
    A  T 

                                 
    A

          NspI         HaeII         NsiI
     
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
    C MfeI*       NcoI*
     StyI*
    BtgI
    BsaJI
    TspMI
    XmaI

    AcoI
     AvaI
    BsaJI
    BsoBI
    BsaJI
    BtgI
    AvrII
    BsaJI
     StyI*
        EagI*
     EaeI
    BsiWI SfcI PaeR7I
    TliI
    XhoI

     AvaI
    BsoBI
    SmlI
    SfcI AflII
     SmlI
    C G 

        NdeI   BmeT110I               BmeT110I     
    C G    PmlI
     BsaAI
    PvuII*
     MspA1I
        SmaI MspA1I                  
    C G              SacII   PvuI*
     BsiEI
      BsiEI          
    C

                              PstI*  
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
    G EcoRI*
     ApoI
            NgoMIV
     BsrFI
    BssHII NheI* BamHI*
     BstYI
    KasI
     BanI
    PspOMI Acc65I
     BanI
      SalI* ApaLI  
    G C    BsaHI               NarI
     BsaHI
        AccI AccI    
    G C    ZraI   Ecl136II
    Eco53KI
    EcoRV* Cac8I NaeI
    Cac8I
    Cac8I Cac8I NlaIV SfoI
    NlaIV
    NlaIV NlaIV BstZ17I
    Hpy8I
    Hpy166II
    HincII
    Hpy8I
    Hpy166II
    Hpy8I
    Hpy166II
    HpaI
    HincII

    Hpy8I
    Hpy166II
    G C 

                                 
    G   AatII SacI*
    BanII
    BsiHKAI
    Bsp1286I
      SphI*
     NspI
        BmtI     BbeI
     HaeII
    ApaI
     BanII
    BaeGI
    Bsp1286I
    KpnI*     BaeGI
    Bsp1286I
    BsiHKAI
     
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
    T A          BspHI BspEI
     BsaWI
    AcoI
      XbaI BclI   EaeI BsrGI
    TatI
           
    T A 

          Hpy188III Hpy188III Hpy188III Hpy188III           BstBI    
    T A    SnaBI
     BsaAI
            NruI     FspI MscI   PsiI     DraI
    T A 

                                 
    T

                                 

    * HF (high fidelity) versions of these enzymes are available for simplified reactions and reduced star activity, at no additional cost.

    Palindromic Penta-Nucleotide Recognition Sequences

      top
       AATT   ACGT   AGCT   ATAT   CATG   CCGG   CGCG   CTAG   GATC   GCGC   GGCC   GTAC   TATA   TCGA   TGCA   TTAA 
     N           BssKI
    StyD4I
              MaeIII        
     N

                DdeI HinfI   Sau96I          
     N

            ScrFI       Fnu4HI BmgT120I          
     N

    HpyCH4II                       Hpy188I    
     N

                      FmuI          
      N

                                 
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
    A
    T


            PspGI                    
     A
     T


                  TfiI ApeKI
    TseI
    AvaII          
    A
    T


            BstNI                    
     A
     T


                                 
     A
     T


                                 
     A
     T


              Hpy99I                  
      AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
     G
     C


                        Tsp45I        
     G
     C


                                 
    G
    C


            NciI                    
     G
     C


                                 
     G
     C


                    TauI
    BspUI
               
     G
     C