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Cross Index of Recognition Sequences

Sequences at the top of each column are written 5´ to 3´ according to convention. Open squares at the left of each row are place holders for nucleotides within a restriction endonuclease recognition sequence; arrowheads indicate the point of cleavage. Sequences of complementary strands and their cleavage sites are implied. Enzymes written in blue type recognize only one sequence while enzymes written in black type recognize multiple sequences.

Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences   |  Penta-Nucleotide Recognition Sequences 

Palindromic Tetra- and Hexa-Nucleotide Recognition Sequences   PDF of this table

  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
  Tsp509I       FatI         BfuCI
DpnII
MboI
Sau3AI
             
    HpyCH4IV     CviAII MspI
HpaII
  BfaI   HinP1I   Csp6I   TaqI   MseI
      AluI
 
CviJI
      BstUI   DpnI   HaeIII
PhoI
 
CviJI
RsaI     HpyCH4V  
 

                HhaI            
      

TaiI     NlaIII                      
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
A T  ApoI   HindIII   PciI
 
AflIII
AgeI
 
BsrFI
BsaWI
MluI
 
AflIII
SpeI BglII
 
BstYI
    TatI        
A T    AclI                       ClaI
BspDI
  AseI
A T 

    SspI           AfeI StuI ScaI        
A T 

                             
AT 

      NspI         HaeII         NsiI
BfrBI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
C G  MfeI       NcoI
 
StyI
BtgI
XmaI
 
AvaI
BsoBI
BtgI AvrII
 
StyI
    EagI
 
EaeI
BsiWI SfcI PaeR7I
TliI
XhoI
 
AvaI
BsoBI
SmlI
SfcI AflII
 
SmlI
C G 

    NdeI                         
C G    PmlI
 
BsaAI
PvuII
 
MspA1I
    SmaI MspA1I                  
C G              SacII   PvuI
 
BsiEI
  BsiEI          
C G 

                          PstI  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
G C  EcoRI
 
ApoI
        NgoMIV
 
BsrFI
BssHII NheI BamHI
 
BstYI
KasI
 
BanI
PspOMI Acc65I
 
BanI
  SalI ApaLI  
G C    BsaHI               NarI
 
BsaHI
    AccI AccI    
G C    ZraI   Ecl136II EcoRV   NaeI       SfoI     BstZ17I HincII   HpaI
 
HincII
G C 

                             
G C    AatII SacI
 
BanII
BsiHKAI
Bsp1286I
  SphI
 
NspI
    BmtI     BbeI
 
HaeII
ApaI
 
BanII
Bme1580I
Bsp1286I
KpnI     Bme1580I
Bsp1286I
BsiHKAI
 
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
T A          BspHI BspEI
 
BsaWI
  XbaI BclI   EaeI BsrGI
TatI
       
T A 

                        BstBI    
T A    SnaBI
 
BsaAI
        NruI     FspI MscI   PsiI     DraI
T A 

                             
TA 

                             

Palindromic Penta-Nucleotide Recognition Sequences      PDF of this table      top

   AATT   ACGT   AGCT   ATAT   CATG   CCGG   CGCG   CTAG   GATC   GCGC   GGCC   GTAC   TATA   TCGA   TGCA   TTAA 
 N
          BssKI
StyD4I
          MaeIII        
 N


            DdeI HinfI   Sau96I          
N


        ScrFI       Fnu4HI            
 N


HpyCH4II                       Hpy188I    
 N


                  FmuI          
 N


                             
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
   A
 T


        PspGI                    
 A
 T


              TfiI ApeKI
TseI
AvaII          
A
T


        BstNI                    
 A
 T


                             
 A
 T


                             
 A
 T


          Hpy99I                  
  AATT ACGT AGCT ATAT CATG CCGG CGCG CTAG GATC GCGC GGCC GTAC TATA TCGA TGCA TTAA
 G
 C


                    Tsp45I        
 G
 C


                             
G
C


        NciI                    
 G
 C


                             
 G
 C


                AspCNI            
 G
 C